<s>
BioBike( nee	O
.	O
</s>
<s>
BioLingua	B-General_Concept
)	O
is	O
a	O
cloud-based	B-Architecture
,	O
through-the-web	O
programmable	O
(	O
Paas	B-Application
)	O
symbolic	O
biocomputing	O
and	O
bioinformatics	O
platform	O
that	O
aims	O
to	O
make	O
computational	O
biology	O
,	O
and	O
especially	O
intelligent	O
biocomputing	O
(	O
that	O
is	O
,	O
the	O
application	O
of	O
Artificial	B-Application
Intelligence	I-Application
to	O
computational	O
biology	O
)	O
accessible	O
to	O
research	O
scientists	O
who	O
are	O
not	O
expert	O
programmers	O
.	O
</s>
<s>
BioBIKE	B-General_Concept
is	O
an	O
integrated	O
symbolic	O
biocomputing	O
and	O
bioinformatics	O
platform	O
,	O
built	O
from	O
the	O
start	O
as	O
an	O
entirely	O
(	O
what	O
is	O
now	O
called	O
)	O
cloud-based	B-Architecture
architecture	I-Architecture
where	O
all	O
computing	O
is	O
done	O
in	O
remote	O
servers	O
,	O
and	O
all	O
user	O
access	O
is	O
accomplished	O
through	O
web	O
browsers	O
.	O
</s>
<s>
BioBIKE	B-General_Concept
has	O
a	O
built-in	O
frame	O
system	O
in	O
which	O
all	O
objects	O
,	O
data	O
,	O
and	O
knowledge	O
are	O
represented	O
.	O
</s>
<s>
This	O
enables	O
code	O
written	O
either	O
in	O
the	O
native	O
Lisp	B-Language
,	O
in	O
the	O
visual	B-Language
programming	I-Language
language	I-Language
,	O
or	O
systems	O
of	O
rules	O
expressed	O
in	O
the	O
SNARK	B-Application
theorem	I-Application
prover	I-Application
to	O
access	O
the	O
whole	O
of	O
biological	O
knowledge	O
in	O
an	O
integrated	O
manner	O
.	O
</s>
<s>
(	O
In	O
modern	O
terms	O
it	O
was	O
one	O
of	O
the	O
first	O
PaaS	B-Application
(	O
Platform	B-Application
as	I-Application
a	I-Application
Service	I-Application
)	O
systems	O
,	O
predating	O
even	O
Salesforce	B-Application
in	O
this	O
capability	O
.	O
)	O
</s>
<s>
Initially	O
this	O
programming	O
was	O
carried	O
out	O
in	O
raw	O
Lisp	B-Language
,	O
but	O
Jeff	O
Elhai	O
's	O
team	O
at	O
VCU	O
,	O
with	O
NSF	O
funding	O
,	O
created	O
an	O
entirely	O
graphical	B-Language
programming	I-Language
environment	O
on	O
top	O
of	O
BioBIKE	B-General_Concept
based	O
upon	O
the	O
Boxer-style	O
programming	O
environments	O
.	O
</s>
<s>
Being	O
a	O
multi-headed	O
,	O
multi-threaded	O
,	O
multi-user	O
,	O
multi-tenancy	O
cloud-based	B-Architecture
system	O
,	O
BioBIKE	B-General_Concept
users	O
were	O
able	O
to	O
directly	O
work	O
together	O
through	O
their	O
web	O
browsers	O
,	O
remotely	O
sharing	O
the	O
same	O
listener	O
and	O
memory	O
space	O
.	O
</s>
<s>
A	O
specialized	O
offshoot	O
of	O
BioBIKE	B-General_Concept
called	O
"	O
BioDeducta	O
"	O
includes	O
SRI	O
's	O
SNARK	B-Application
theorem	I-Application
prover	I-Application
,	O
offering	O
unique	O
"	O
deductive	O
biocomputing	O
"	O
capabilities	O
.	O
</s>
<s>
BioBIKE	B-General_Concept
is	O
open-source	B-Application
software	I-Application
implemented	O
using	O
the	O
Lisp	B-Language
programming	I-Language
language	I-Language
.	O
</s>
<s>
Continuing	O
development	O
takes	O
place	O
by	O
the	O
BioBIKE	B-General_Concept
team	O
centered	O
at	O
Virginia	O
Commonwealth	O
University	O
.	O
</s>
<s>
BioBIKE	B-General_Concept
was	O
originally	O
called	O
"	O
BioLingua	B-General_Concept
"	O
,	O
and	O
was	O
developed	O
by	O
Jeff	O
Shrager	O
at	O
,	O
and	O
JP	O
Massar	O
with	O
funding	O
from	O
.	O
</s>
<s>
Shrager	O
and	O
Massar	O
wanted	O
to	O
create	O
a	O
web-based	O
,	O
multi-user	O
Lisp	B-Operating_System
Machine	I-Operating_System
,	O
specialized	O
for	O
bioinformatics	O
.	O
</s>
<s>
Elhai	O
obtained	O
continuing	O
funding	O
from	O
the	O
National	O
Science	O
Foundation	O
for	O
the	O
project	O
,	O
which	O
was	O
renamed	O
BioBIKE	B-General_Concept
.	O
</s>
<s>
Elhai	O
and	O
colleagues	O
added	O
BioBIKE	B-General_Concept
's	O
unique	O
visual	B-Language
programming	I-Language
language	I-Language
.	O
</s>
<s>
Shrager	O
,	O
meanwhile	O
,	O
collaborated	O
with	O
Richard	O
Waldinger	O
at	O
SRI	O
to	O
build	O
SRI	O
's	O
(	O
SNARK	B-Application
)	O
theorem	O
prover	O
into	O
BioBIKE	B-General_Concept
,	O
creating	O
a	O
deductive	O
biocomputing	O
system	O
,	O
called	O
BioDeducta	O
.	O
</s>
<s>
There	O
used	O
to	O
be	O
a	O
number	O
of	O
BioBIKE	B-General_Concept
verticals	O
in	O
different	O
biological	O
domains	O
,	O
including	O
viral	O
pathogens	O
,	O
cyanobacteria	O
and	O
other	O
bacteria	O
,	O
Arabidopsis	O
thaliana	O
,	O
and	O
several	O
others	O
described	O
in	O
the	O
references	O
.	O
</s>
