トップメニューの「バトル」を押すと、現在プレイしているユーザーと自動でマッチングされます。対戦するゲームの種類はランダムに出題されますが、ゲーム内通貨「コイン」を使って自分で選ぶこともできます(「コイン」は課金で入手できます)。勝敗はプレイした3種類のゲームの合計スコアで決まります。
Brain Warsでは対戦以外のゲームモードで「トレーニング」というのがあり、全16種類のミニゲームを一人でプレイできます。本番の対戦に向けて練習するのに便利です。
プレイヤーは最大5つのハートを持っており、1回の対戦で1つハートを消費します。ハートは15分で1つ回復するため、連続で遊べる回数は5回まで、それ以上遊びたい場合は「コイン」を使って全回復させる必要があります。
Facebookと連携していない場合、プロフィールにEメールアドレスを登録することでスマートフォンの機種変更をした際にデータを移行できます。ただし、2014年10月1日時点でiPhone版ではEメールアドレスによるデータ移行ができないため、Android端末からiPhoneへ乗り換える際は、Facebookと連携してデータ移行を行うことをおすすめします。