航空需要は、地域の地理的特性から、年々増加の傾向にある。特にその中でも(旧)石垣空港は、生鮮品の出荷や周辺地域に対する航空機騒音などの課題をかかえていたため、新空港の建設を行った。平成25年3月7日に新石垣空港が供用開始し、同日に(旧)石垣空港は供用廃止となった。
与那国空港においては、平成13年度より安定的・効率的な運航を確保するために行われていた滑走路拡張工事(1500mから2000m)が平成18年度に完了し、平成19年3月15日から供用開始している。