菅義偉官房長官は同日の記者会見で、ユネスコに対し「中立公正であるべき国際機関として問題だ。政治利用されるような制度、仕組みの改正を強く求めたい」と述べた。その上で、中国が提出した資料について「本物か検証できないし、政府として文書を見ることもできない」と不透明な審査の問題点を強調。歴史的事実の認識に日中間で違いがあることを指摘し、「一方的に決めて政治問題にすべきではない」とユネスコを牽制(けんせい)した。
馳浩文部科学相も同日の会見で「非常に残念だ」とユネスコを批判した。「南京大虐殺文書」が"お墨付き"を得たことによる教育現場への影響については「登録されたことを取り扱うのは慎重にならざるを得ない」と語った。