国際的希少種や固有種の生息・生育地であること、種多様性に富むサンゴ礁生態系が見られることから、生物多様性保全上の重要な地域として世界的に評価されている。また、奄美群島を含む南西諸島は、ウミガメ類・海鳥類の繁殖地、渡り鳥の中継地など、広域を移動する種群を維持する上でも重要な地域である。
日本列島がホットスポットに選定され、その中で特に、絶滅のおそれがある固有属のアマミノクロウサギ、ケナガネズミの生息地として、奄美群島を評価している。また、日本列島は爬虫類・両生類の固有性が高いが、特に奄美群島を含む南西諸島は、在来種における固有種の割合が、爬虫類で約85%、両生類で約77%と高い。絶滅が危惧される重要な種としてクロイワトカゲモドキを挙げている。
極めて孤立しており、特異な種の進化を可能にする地域として選定している。この地域のサンゴ礁の多様性は、多くの固有魚類や海鳥、海獣類の個体群を支えている、と評価している。