高度な知能を獲得した猿のシーザーが自由を求めて立ち上がり、仲間たちを率いて人類への反乱を起こしてから10年。猿たちは進化を加速させ、森の奥に文明的なコミュニティを築いて平和に暮らしていた。一方人類は、蔓延したウイルスによっておよそ90%が死滅し、わずかな生存者グループは、荒れ果てた都市の一角で身を潜めるように暮らしていた。そんなある日、電力が底をつきかけた人間たちは、ダムの水力発電を利用しようと猿のテリトリーに足を踏み入れてしまい、一触即発の危機を招く。最悪の事態だけは避けたい平和主義のマルコムは、猿のリーダー、シーザーと接触し、次第に信頼関係を築いていく。やがて2人は猿対人類の全面戦争を回避すべく仲間たちの説得に力を尽くすのだったが。