しかし、新たな案だと、マイナンバー活用に伴い、企業側のみならず消費者側の事務負担が増加するという問題がある。実際に、飲食料品を購入しても、買い物に必ずカードを持っていかないと負担が減らず、インターネットを通じて口座を登録しないと還付を受け取れない仕組みとなる可能性がある。このため、高齢者や子供への配慮を欠き、消費者全体に煩雑さを強いる制度となりかねない。
さらには、還付による減収分を補うために、標準税率の引き上げ幅を大きくしなければならなくなる可能性がある。つまり、消費税の逆進性対策を施す場合には、最大限の公平性や消費者への配慮が必要といえよう。
財務省案の通り、国民一人当たりの給付額上限を年4000円とすると、国全体では最大で5000億円程度の減収になることに加え、システム導入のための財政負担もかさむ。しかし、代替財源は示されていない。これは、社会保障財源を毀損するため、他の分野で負担増が必要となることを示唆している。