ENDorBEGININGのエンドを見た後、条件を満たすと真エンド「ALTERNATIVE;END」が見られるようになります。
(アーカイブを全部埋めても発生しなかったので、アーカイブの取得状況は関係ないようです。
*1 まだ続きがあるのかな?という終わり方ですが、もうこれ以上ないので次回作に期待しましょう。
2016年 追記:2016年6月30日に続編である『ZERO 刻のジレンマが発売されました。