マフノ叛乱は、アナキズム思想に影響を受け、リバータリアンの方針に沿って組織されていた。つまり、民間領域と軍事領域双方において自主管理が実践されたのである。このセクションでは、この運動の軍事組織について論じ、次のセクションで社会的側面について論じる。
自主管理を実践することで、マフノ叛乱は、赤軍とも伝統的軍隊とも完全に異なる軍事組織モデルを示した。軍隊構造を情況に応じて変化させていたが、核心となる思想は変わらなかった。それらは以下のようなものだった。
志願兵制とは、軍は自発的に入隊した革命戦士によってのみ構成される、ということを意味していた。
選挙制とは、軍の各級部隊の指揮官、司令部構成員、軍事評議会委員、その他の責任あるポストにつく者は当該各部隊の兵士、または全兵士集会により選出あるいは承認された者でなければならない、ということを意味していた。
軍事革命評議会は選挙で決められ、その地方の労農兵大会に対して直接の説明責任を持っていた。地元の様々なソヴィエトを調整し、地方大会の決定を執行するよう決められていたのである。
この評議会は自由地域を全部含んだ。これは大会で決定されたすべての経済的、政治的、社会的、軍事的決定を実行していくものでもあった。これはある意味では全運動の中央執行委員会でもあった。しかしそれは決して権力をもった機関ではなかった。厳密に執行部としての役目だけが課された。それは大会の方針と決定を実行することだけが任務であった。どのようなときにも大会によって解散させたり評議会の存在をなくすことができた。[前掲邦訳書、141ページ]
従って、パリジュは、評議会は「軍事行動に対して何の決定的発言権も持っていなかった」と書いているが、彼は評議会の要点を見逃している。[Palij, 評議会は軍事を決定していたのではなく、軍と民間人の交流を図り、大会の決定事項を確実に執行していた。従って、軍隊全体が名目上は労農兵地方大会の管理下にあった。こうした大会で、勤労者の代理人はマフノ叛乱軍が追及すべき方針を決定していた。軍事革命評議会は、部隊の軍事活動を決定するのではなく、大会の決定事項の執行を監督するために存在していたのである。