はヒト大腸内に存在しており、成人の2〜5%で検出される[7]。
一部の研究者は、日常的な家畜への抗生物質使用(英語版)がC. などの流行に結び付く危険性があると指摘している[24]。
感染はほとんどの場合、病院や介護老人福祉施設などの医療関連施設で発生しているが、これらの施設外での感染も増加している。C. の推定保有率は2週間以内の入院の場合は13%、4週間以上の入院の場合は50%と見積もられている[25]。
長期入院している場合や介護施設に入居している場合は、1年以上の入院・入居は菌定着(英語版)の独立リスク因子である[26]。
市中CDIの増加率は、胃酸抑制薬の使用に相関している。ヒスタミンH2受容体拮抗薬の使用で感染症のリスクは1.5倍に、プロトンポンプ阻害薬の1日1回の使用で1.7倍に、それを超える頻度での使用で2.4倍に増加する[27][28]。
プロバイオティクスが感染予防や再発防止に有用であるとの報告がある[38][39]。C. に対する免疫が抑制されていない患者に対してもSaccharomyces boulardii(英語版) を用いた治療は有用であった[40][41]。米国感染症学会(英語版)は2010年には、合併症の危険があるとしてS. の使用に反対した[38][40]。しかしその後のレビューでは、治療に伴う有害事象の増加は認められず[39]、治療は全般的に安全であると思われた[42]。
便微生物移植または糞便移植法と呼ばれている治療法では、抗生物質が効かなくなった患者の約85%から90%で有効である[63][64]。これは感染症再発の原因である腸内細菌の不均衡を是正するために健康なドナーから正常な腸内細菌叢を移植する方法である[65]。この方法で抗生物質で破壊された腸内の菌環境が再構築され、C. 増殖が抑制される[66]。副作用は、少なくとも治療後直ぐにはほとんど起こらない[64]。
飲み薬の形での腸内細菌移植の試みで効果が上がっている[67]。米国では実施可能な施設はあるが、2015年時点では米国食品医薬品局の認可は得られていない[68]。
1935年にホール(Hall)とオトゥール(O'Toole)が発見した際には、菌の単離が困難であり、コロニー形成が非常に遅かった事から、Bacillus difficilis と命名された。この名称は1970年に変更された[71][74]。
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