一方、沖縄防衛局は本紙に「日米合意の事実はない」と否定。防衛省関係者は「米側が一方的に言っているだけだ」と不快感を示した。旧駐機場の移転を合意した2009年2月の合同委概要には、この合意内容は確認できない。ただ、合同委の結果は原則非公開で、実際に合意があったかは不明だ。
旧駐機場の運用では、県や嘉手納町が「駐機場としての使用は認められない」とする一方、防衛省は騒音を出さないことを米側に求めてはいるが、駐機場使用を事実上容認しており、SACO合意を巡る認識が異なっている。