免疫不全を招いているケースでは、アジスロマイシンなどが用いられます。かつてはパロモマイシンが利用されていましたが、現在では使われません。しかし、免疫不全患者の場合、根治させる治療方法は存在していません。いずれの薬剤でも原虫の増殖を完全に抑制することができないためです。そのため、予防が重要であり、これにはクラリスロマイシンなどが用いられることもあります。免疫不全患者では基本的に予防対策が重要となります。尚、免疫機能に異常が認められない場合は、自然治癒します。このため、対症療法が中心となり、脱水などに対処します。