御崎馬は戦中から戦後にかけて数が減少し、農業の機械化にともない農耕馬としての需要も見込めなくなった。しかし、1953年に「岬馬およびその繁殖地」が国の天然記念物に指定され、1967年と1968年に発足した都井岬馬保護対策協議会と都井岬馬保護対策協力会が御崎牧場に協力、援助する体制ができた。さらに、1974年からは国、宮崎県、串間市の補助事業として保護策がとられ、御崎馬の頭数は次第に増加傾向に転じた。近年は120頭前後で安定し、半野生状態を維持された希少な日本在来馬として宮崎県の重要な観光資源となっている。
時事通信社の報道によれば、この処分により、御崎馬の数は計85頭となった。