その後、ルマンディー公リシャール1世が966年に修道院をたて、13世紀には現在のような形になった。
百年戦争時には要塞として使用されたため、モン・サン=ミシェルの入り口にはイギリス軍の大砲と弾が今も残っている。
18世紀末のフランス革命時に修道院は廃止され1863年まで国の監獄として使用され、その後荒廃していたが、ヴィクトル・ユゴーの紹介がナポレオン3世を動かし、1865年に再び修道院として復元された。
1979年にはユネスコの世界遺産に登録され、現在3人程の修道士が在住し、10人程の修道女が近隣の町から通って運営に当たっている。