南方の生きた時代は、全ての制度が大きく変化した時代でした。1867年生まれ、1941年没で、徳川の終わりから明治国家の終焉の直前までを生きた南方の同年代には正岡子規、夏目漱石、秋山真之、山田武太郎等の、明治日本の文化を形作ったたくさんいます。
1897年、ロンドンに亡命中の孫逸仙(孫文)と知り合い、意気投合します。
1900年の帰国後、実家に居場所を得られず、那智で3年間を過ごすことになりました。昼は山野で生物採集、夜は古典文学の読書という雌伏の時期が、その後の活躍に大きく貢献したと考えられています。
明治40年代、神社合祀政策に対する反対運動を起こします。これは、自然保護運動の先がけでもあり、今日では世界遺産『熊野古道』として保全されているいくつかの重要な神社と神社林を守ることに大きく寄与しました。