10.12.3のプレビューアプリにはマークアップツールなどに引き続き不具合があるため注意が必要のようです。詳細は以下から。
プレビューアプリの不具合を報告しているのはC-Command SoftwareでEagleFilerなどを開発しているMichael Tsaiさんで、プレビューアプリの[ツール] [長方形で選択]を利用すると、以下の様に選択した範囲以外の表示が消えてしまうように見えるそうです。
Michaelさんなど複数の開発者によると、Appleは現在macOSとiOSのPDFフレームワークの統合を目指している(WIP)ため、PDFKitにはこの他にも複数の不具合や利用できない機能が出ているそうなので、PDFをよく扱う方はAdobe Acrobatシリーズなどを利用することをお勧めします。