グラディエントゲルの作成には時間がかかる場合があり、途中でゲルが固まってしまうのを防ぐために、ゲル溶液はできるだけ冷やしてから操作を開始した方がよい。
実験のスケジュールに応じて、夜遅くから低電圧でオーバーナイト泳動(40V 、4)することも可能である。ただし、電圧を極端に下げすぎるとパワーサプライの種類によっては極端な低電流のために安全装置がはたらき、夜中に泳動が止まってしまう恐れがあるので注意が必要。