ファイル名にBという文字列が入っているファイルはBフォルダに、
素人なりに調べて、ソースコードを貼り合わせてみたのですが、うまく出来ません・・・。
たとえば(ファイル名がバラバラの)ファイルが10個ある場合、ファイル名について10回の比較(判定)が行われないといけませんが、上記のコードだと 1回しか通りません。
files.hasNext() は1個だけファイルを取り出すので、while() で聞いてやる必要があります。