調査対象になるのは、秘密取扱予定者、つまり特定秘密を取り扱う予定のある者です。NGOが特定秘密を取り扱う可能性が全くないとはいえませんが、特定秘密を取り扱うのは、基本的には警察官や自衛官などの公務員や、民間企業とりわけ軍需産業の従業員達です。
なお、秘密取扱予定者の家族(事実婚を含む配偶者、父母、子、兄弟姉妹、配偶者の父母や子)や同居人についても、氏名や生年月日や国籍等を調べることとなっています。家族等を通して外国から情報漏えいの働きかけがあり得るかを調査するというわけです。そのため、自分自身が特定秘密を取り扱う仕事をしていなくても、自分の家族等が特定秘密を取り扱う業務に就こうとしている場合には、氏名や国籍等を調査されることになります。