東京電力は企業立病院形態下での一般開放を検討し東京都に相談したが、東京都側は医療法を根拠に難色を示したとされる[2][3][4]。東京電力は近隣に大病院(慶應義塾大学病院)があることを理由に一般病院への変更認可が認められないと説明している[5]。
2014年2月末をもって閉鎖され、東京建物に土地を売却した。跡地の活用方法については未定[6]であったが、2017年1月1日付けの聖教新聞報道によって、聖教新聞社の新社屋となる「創価学会世界聖教会館」が建設されることが明らかになった[7][8][9]。
診療対象を東京電力関係者に限定している東京電力病院であるが、病院の稼働率は極めて低い。2009年(平成21年)に東京都が定期監査を行った際には192床の設置許可病床に対して60名程度しか入院しておらず、ベット数の削減が指導された[1]。また、2012年(平成24年)6月には入院患者がわずか20名余りで病床稼働率が2割未満となっている実態が報じられている[1]。
一等地に建つ東京電力病院の資産価値は120億円以上であるとされるが、東京電力が東京電力福島第一原子力発電所事故後の2012年(平成24年)5月に改革方針などを示した「総合特別事業計画」でもこの病院は売却対象とされず、継続保有の意向が示された[1]。