徳川氏と薩摩・会津(福島県)などの有力な藩主を中心とした指導体制をつくった。
さらに、翌年、幕府は諸藩を指揮して長州藩を攻め、これを降伏させた(長州征伐)。
木戸孝允らとともに藩の主導権をうばい返したので、長州藩はふたたび幕府批判の立場に転じた。
そして、長州藩を京都から追放して勢力を回復した幕府と対決する姿勢を強めていった。
1866年、先代の将軍が死去したあと、徳川慶喜が第15代将軍となった。
14歳の明治天皇が即位して、朝廷内部では倒幕派が優勢となった。
その中で最大の大名である徳川家の実質的な支配を続けることができると考えていた。
公家の岩倉具視や長州藩の木戸孝允らと結んで、慶喜追放と領地没収を朝廷に働きかけた。
古代建国の出発点に立ちもどって、天皇を中心とした新政府を組織することを宣言した。
非常に短い期間で薩摩藩や長州藩などの勢力によってたおされたことになる。
そのため、列強の圧力が高まると幕府の権威はおとろえたが、幕府にかわって、
あらためて皇室を日本の統合の中心とすることで、政権の移動が短期間でスムーズに行われた。