FC2とは違って、ふつうにブログ参照時でも、管理者がログインしているかどうかを確認してコメントを表示/非表示を切り替えてくれます。ただし、こちらは管理者権限のユーザでしか試していないので、ほかの登録ユーザで表示されるのかどうかはわかりません。複数人で管理するようなブログはこの辺の動作チェックを必ず行ってください。
あとからコメントを『管理者のみに表示』に変更したい場合(きっと自分のようにFC2から移行した人向け)には、データベーステーブル「******comments」のフィールド「comment_type」を"whisper"、フィールド「user_id」を"0から"1に変更で対応可能。(テーブル名の*****の部分はWordPress設置時の「テーブルの接頭辞」に設定した文字列が入ります)