明治5年の学制発布により、大阪の医学校は官立の「第四大学区医学校」となった。
ところがそれからわずか2ヶ月後の明治5年10月2日、「第四大学区医学校」は突然廃止されてしまう。その理由は経費節減とか、緒方惟準が陸軍軍医学校に転出したから、などと説明されるが、実際は、教育レベルの学校差をなくすため、医学教育を一箇所に集中し、なおかつ経費を節減するという文部省及び第一大学区医学校(東大医学部)の方針によって廃校とされたのである。医学教育を集中させる一箇所とはもちろん東京である。
東京の「東校」にミュルレル、ホフマンが着任したのが明治4年の夏、それから1年経った明治5年8月「東校」は学制により「第一大学区医学校」となった。そして学校の拡充計画が策定され、文部省を通じて正院(当時の最高行政機関)に上申書として提出された。