平安時代、遣唐使の一員だった最澄や空海が、入唐する前に筑紫に滞在した際、竈門神社に参詣したといわれ、更に最澄は航海の安全を祈願して薬師如来を筑紫国7ヶ寺に奉納したという。その内のひとつが有智山寺であったというから、この頃にはすでに存在していたということになり、もちろん竈門神社だけではなく有智山寺にも立ち寄ったことだろう。
後には山岳信仰が発展して山伏や修験者が起居し、その堂塔寺坊が370余もあったといい、これらは室町時代や戦国時代の戦乱で一時荒廃したが、江戸時代にはやや復興し、明治の神仏分離と廃仏毀釈の頃まで続いた。