サイドバーの高さがウインドウサイズを超えるような場合(カスタムクエリが大量にある場合)に、ウインドウサイズを超えた位置を選択できなくなるので、下にスクロールした際には、サイドバーの末尾の位置で調整し、上にスクロールした場合には、サイドバーの先頭の位置で調整するようにスクリプトを変更しました。
以前、下記の記事で、サイドバーを開閉可能とするスクリプトを書きましたが、
下記スクリプトは、Redmine で確認していますが、このあたりのレイアウトは依然から変わっていないので、古いバージョンでも問題なく動くかと思います。(jQuery使っているので、最低でも2.1以上の必要があります)
下にスクロールしても、サイドバーは隠れないので、選択するのが楽です。