通勤手当は定期券を買った月の給与で相当額を支給しています。
> この場合、どのような解釈、処理をされるものなのでしょうか?
ポイントは「合理的かつ経済的と認められる方法により算出したその者の1か月の通勤運賃相当額」ですね。
とありますので、推測になりますが、そもそも「6か月の定期券を支給」した場合に転居や退職した際には会社が手数料の費用を負担していることから、6か月の定期券を支給するのは契約社員でなく、正社員における御社の交通費の支給方法ということではありませんか。
1か月定期券や出勤日の回数分の精算方法であれば、そもそもが払い戻しの問題がほとんど生じないため、精算方法が記載されていないのではないでしょうか。
そうであれば、そもそもの6か月定期券を支給したことが、会社の規定からすれば誤った支給方法であった可能性があるかと思います。
また、「払戻金を含めて、1ヶ月における通勤に必要とした運賃に相当する額」と主張された場合には、会社の解釈は整合性がとれているのでしょうか。
トラブルに発展しそうであれば、「6か月定期券を支給した場合には、御社ではどのように精算するのか」に基いて対応することは方法になるかもしれませんし、これを機会に、今後の交通費の支給方法を規定を明確にすることが望ましいかと思います。