対向式ホーム2面2線から成る交換可能駅で、駅舎は下りホームの加太方に設けられています。上下ホームは構内踏切で連絡しています。
駅前には個人商店や住宅が並んでいるほか、駅の西側には労災病院があります。駅名の由来となっている木本八幡宮は、駅から歩いて20分以上かかる場所にあり、「前」と呼ぶにはかなり苦しい位置ではあります。
駅から北へ、徒歩25分。日前、国懸両神宮ともつながりのある神社で、現在の社殿は1618年に造営された桃山様式のものです。