基本的にはバニラ版で茶色に設定されていた船を主に変更しています。
Retextured Shipsによって変更される内容は次のようになっています。
ですのでバニラ版の船と併用する事は出来ないことに注意です(・_・)
途中セーブデータに対してModを使っても問題なく動作するとのことでした。
ということで、ステラリスのゲームファイルのそこまで深いところを触っているわけではなく、テクスチャの貼替えが主だと思われます。
自分で好みの色に変えられるというわけではないので、Mod導入後の色に対する印象の個人差はあるかと思います(・_・)