エンタープライズが遠方の考古学調査グループに物資を届けた際、ボーンズことドクター・レナード・マッコイは昔の恋人に再会した。マッコイの目には今も魅力的な彼女だったが、その姿には恐るべき秘密が隠されていた。
連邦宇宙域の端に位置する、カーデシアに見捨てられた辺境の前哨基地。それは、かつてカーデシアが採掘基地として使っていた宇宙ステーションである。連邦惑星によって"ディープ・スペース・ナイン"と改名された宇宙ステーションは、ベンジャミン・シスコ司令官が率いる宇宙艦隊のクルーによって管理されることになった。しかし、遥か遠い未踏の宇宙域に通じる入り口が、ステーションのすぐ近くに発見されることで、孤立していたDS9の存在が銀河中に知れわたることになる
西暦2151年、エンタープライズNX-01で宇宙へ!ワープ航法で広大な宇宙へ進出する人類は、未知の異星人たちと出会った。