『マクロスM3』(マクロスエムスリー)は、2001年2月22日に発売されたドリームキャスト用の3Dシューティングゲーム。
第一次星間大戦によって焦土と化した地球で、わずかに生き残った人類は、敵であった異星人ゼントラーディと共存社会を築き、種の保存のために2012年から宇宙移民計画を推進する。
2030年、惑星ベルファンにて、統合軍反乱部隊に占拠された基地内に強行突入し、拉致された首席補佐官を救出する。試作機VFX-11の実戦テストも兼ねている。このエピソードは、書籍『THIS マクロスプラス』(小学館、1995年、70頁)において設定されたものを再現している。
ナレーションは『超時空要塞マクロス』同様、小原乃梨子が担当している。
戦闘以外の思考については、その年齢を考えても非常に未発達であったが、両親との交流で次第に文化的な感情や情操を身につけていく。のちに正式にダンシング・スカル隊の一員となり、両親とともに活躍する。
統合軍から実験体的な扱われかたをしながら戦功を挙げていくが、次第にその軍のなかでの存在に疑問を抱き、「戦い以外の本当の地球の文化」を学ぶために、みずから軍を去ることを決心する。
BGM、テーマ曲など12曲を収録。2001年2月21日、ビクターエンタテインメントより発売。