7.0.3のPro版ですね?エンコード元の映像は何だったのでしょうか?
もしかするとMpeg-2(プログラムストリーム)なので音声が失われているのかもしれません。
今のところMacでのmp4へのエンコードを検索をかけると出てくるのはここなので見ておられるかもしれませんけど、
>Mpeg2 PSファイルはこの後でコンバートできないので注意が必要だ
ということらしいです。エンコードについてはここで紹介されているソフトが良さそうです。