耐性菌はすべてリボソーム遺伝子に変異を持っているため、基本的にそれ自体の増殖力は感受性菌に比べ劣っている。また、マイコプラズマ肺炎は以前、感受性菌のみが存在する時代にも4年ごとの大流行が観察された感染症である。したがって野生で占める割合が15%程度である耐性菌の存在が現在の流行拡大と直接関連するものか否かは、慎重に判断されなければならない。また、肺炎の報告数は増加しているものの、とりわけ重症例が増加しているという傾向も今のところ認められていない。マイコプラズマ肺炎の発症には菌自体の直接的な細胞傷害性よりも宿主の免疫応答が強く関与していると考えられている。したがって耐性菌の出現が即重症例の増加につながる可能性は低いものと考えられる。マクロライド耐性菌は確かに存在するが、現在までの状況では、マクロライドを主体とした治療方針に大きな変更を加える必要は無いものと考えられる。ミノサイクリンやニューキノロン系薬剤の使用頻度が増えることにより、M. pneumoniae に多剤耐性を誘導することの無いよう、慎重な対応が望まれる。