映画本編で描かれるのは、長きに渡る戦争を経て高度成長を遂げた新時代。多忙のため家族と過ごす時間がないナルトを、寂しさゆえに忌み嫌うようになってしまったボルトは、かつて父の宿敵であったサスケに憧れ弟子入りを志願する。そんな中、現れた最強の敵に立ち向かう父・ナルトの姿を見たボルトは、父親が歩んできた道、そしてその思いを初めて知ることになる。
原作者である岸本斉史氏は映画について、「この映画は見終わった後に、その方の親子や大切な人との会話が増えればいいなと思ってつくりました。別に『BORUTOの話をしてほしい』とかではなく、お互いのことにより興味を持つきっかけになったらこれ以上のことはないです」とコメントを寄せている。