織田信長による中国攻めが始まると、兄・黒田官兵衛とともに羽柴秀吉(のちの豊臣秀吉)の配下として、弟達とともに羽柴秀吉の馬廻り組となり、織田信長に味方した。
織田信長が本能寺で明智光秀に攻められ没すると、兄・黒田官兵衛(黒田孝高)と共に羽柴秀吉(のちの豊臣秀吉)に仕えた。
兄・黒田官兵衛、黒田長政が中津城120000石を領すると、高森城主として10000石を領した。
道で駕籠に乗った黒田長政に出会えば、馬から飛び降りて頭を地に付けて平伏し、黒田家の家臣たちに藩士としての手本を見せた事でも知られる。
また、黒田官兵衛と間違われるほど筆達者で、書状がよく残っている。
1592年「文禄の役」に参陣したが帰国後、休戦後、1596年、黒田利高は和泉国堺で療養中に没した。思慮深く、心の広い人物だった。