ちなみに、サイト共通のデータを保存する場合は、update_site_option、取得する場合は、get_site_option 関数を使います。
このデータは、マルチサイト独自のテーブルである に保存されます。
その他、設定画面のformタグには、enctype属性の設定がないため、そのままだと画像やファイルのアップロードはできません。どうしても必要な場合は、jQueryなどを用いて、formに属性を追加してしまうという手もあります。
各コードを記述する場所は、テーマのfunctions.phpをはじめとして、プラグインの中などが適当です。