1949年(昭和24年)に現在の社名に変更されたが、創業当初から一貫して、乳酸菌整腸薬「ビオフェルミン」を中心として企業経営を成り立たせている。
1919年(大正8年)5月 当社、兵庫県神戸市長田区二番町二丁目1番地に社屋及び工場を移転。
1941年(昭和16年) 当社、東京都中央区日本橋本町に「東京出張所」を開設。
1949年(昭和24年)3月22日 当社の戦後初、社名を「株式会社神戸衛生実験所」から「ビオフェルミン製薬株式会社」に社名変更。
1949年(昭和24年)7月 当社、神戸証券取引所(大阪証券取引所へ譲渡消滅)に株式を上場。資本金1,000万円。
1964年(昭和39年)4月 医療用向け、ビフィズス菌の有用性に着目し、乳酸菌とビフィズス菌を配合した整腸薬「ビオスミン」を発売。
1976年(昭和51年)10月 医療用向け「ビオフェルミンR錠」を発売。
1984年(昭和59年)8月 当社、東京出張所を東京営業所に昇格。
1995年(平成7年)1月17日 当社の阪神・淡路大震災により被災し、旧本社および工場が倒壊等の大被害を受ける。
1999年(平成11年) 当社、東京営業所から東京支店(現:東日本支店)に昇格。ホームページ開設。
2002年(平成14年)2月12日 当社の創業85周年、CIを導入し、新しいシンボルマークを制定する。
7月16日 大阪証券取引所と東京証券取引所の現物株市場統合に伴い、東京証券取引所第1部に指定替え。
7月31日 武田薬品工業株式会社との間で締結していた当社製品の販売及び輸出に関する売買契約と輸出契約を合意解除し、新たに大正製薬株式会社との間で当社製品の販売及び輸出に関する独占的販売権許諾契約を締結したことを発表。
8月5日 武田薬品工業株式会社が保有する当社株式の一部を大正製薬株式会社へ譲渡し、大正製薬株式会社が保有する株式が63.98%となる。
3月28日 大正製薬グループの組織再編に伴い、当社の親会社が大正製薬から同社の親会社である「大正製薬ホールディングス株式会社」に変更。
2016年(平成28年)1月1日 2013年7月の独占的販売権許諾契約に基づき、当社が大正製薬株式会社に対して輸入取引に関する独占的販売権を付与。
2018年(平成30年)1月 本社を神戸市中央区三宮町の三宮セントラルビル12階に移転。
つるやオープンゴルフトーナメント(毎日放送製作・TBS系) 1994年4月、第1回のみ。
阪神甲子園球場のグラウンド整備の車にビオフェルミンの広告が出されている。
^ 2003年まで、この地にはヴィッセル神戸の練習場「いぶきの森球技場(旧)」があった。