東京都港区東新橋に本社を置き、乳酸菌飲料「ヤクルト」や飲むヨーグルト「ジョア」などを製造・販売する株式会社ヤクルト本社が制定。
日付は「おとう(10)さん(3)」(お父さん)と読む語呂合わせから毎月13日とした。毎日働いて一家の大黒柱として頑張っているお父さんに、月に1回、感謝の気持ちを表す日。また、「人も地球も健康に」をコーポレートスローガン掲げる同社の、お父さんが健康にとの願いが込められている。記念日は一般社団法人・日本記念日協会により認定・登録された。
日本において一般的な「父の日」は6月の第3日曜日である。「父の日」はアメリカの風習が日本に伝わったもので、日本では父に日頃の感謝の気持ちを込めて、黄色いバラやシャツ、ネクタイ、ビールなどの贈り物をすることが多い。