これはですね、例えば「方」の場合、「ほう」と「かた」の誤認を避けているんだと思っています。
人は主格になるので、お好きな方は・・・だと「かた」なんだなと。
これはですね、続く言葉によって、ニュアンスが変わってしまうからなんです。
「上物入れ」を持っていくって何?・・・ってことになりかねない。
とはいえ、仕事ベースのテキストでは、「うえ」にしておいた「ほう」がいいんじゃないかな。
キリがないように思えますが、語尾の漢字関係に限定するなら、この二つをチェックしておけば十分。
あっ、「なか」と「中」がありましたが、これについては で書いています。
ただし、一括変換してしまうと、上野が「うえ野」になったりします。ご注意を。