一般には、地上で造られた都市や構造物が海面の上昇や地震による地殻変動などの理由で海底に沈んで遺跡となったものを指す。また、海底にある沈没船なども海底遺跡として扱われることがある。代表的な海底遺跡は、ジャマイカのポート・ロイヤルやエジプトのアレクサンドリアのものである。
ムー大陸やアトランティスも海底に沈んだとの伝説があるため、太平洋、大西洋の海底にも海底遺跡が存在するとの説もあるが、どちらとも物的な証拠は発見されておらず、その実在は疑われている。海底に沈んだのではなく、もとから高等な技術で海底に建設された遺跡という説もあるが、一般には認められていない。