IEで保存したHTMファイルの場合、そのままではインポートできず、他のブラウザで保存したのと同様に
IE8, IE11で調査したところ、全てContent-Typeが記述されていないことと、エンコードはUTF-8であることを確認しました。
Internet Explorerのブックマークは履歴やCookieなどとまとめてインポートできる機能があるので、HTMLファイルからインポートする人は少数だと思われます。
リリース時のブログ記事において、「まだバグが残っていますが」と前置きされているので、既に内部では把握している可能性もありますが一応報告いたします。
IE 26へは直接ブックマークのインポートが可能になりましたので、問題の大半は解決ということですが、
.htm を読めない件は、一応社内のバグとして登録させていただきました。