また、学園創立当初から大事にしている宗教教育は、幼稚園においても大切にされ、当時の村井一牧師は各部だよりに「幼稚園に於ける自然による宗教教育」を掲載して、その重要性を記している。こうして創設当時の幼稚園は、自然の中で幼児の宗教的心情を育てる活動を続けてきたが、1944(昭和19)年から3年間、時局の影響を受けて一時休園の止むなきに至り、1947(昭和22)年4月に再開された。
こうした経過を経て1950(昭和25)年12月20日、東京都から「玉川学園幼稚部」として正式に認可され、これにともない鉄棒等の遊具や施設の充実を図り、認可前の混合学級から、形式上も年齢別学級編成にしている。また母の会を結成して、毎月の例会で講師をまねいて講演会を計画し、バザーを催して設備拡充の基金にするなどの活動も始まっている。子供たち待望の「砂場」もこの時期に作られ、雨や雪の日以外は、いつも幼児がいるという状況であった。