中の島当時の玄忠寺は、旧袋川(鳥取藩の輸送拠点)と薬研堀との合流地点付近に位置しており、門前町は玄忠寺横町と呼ばれており(『鳥府志』)、また周囲は池に囲まれ風光明媚な寺であったとされます。玄忠寺が日本三大仇討ちで有名な荒木又右衛門の菩提寺となったのは、この頃になります。
その後万治3(1660)年の火災により、現在地(新品治町)へと移転し、又右衛門の墓は鳥取藩の手により運び移されたとされています。
玄忠寺は現在地(新品治町)に移ってから3度火災に遭っています。最近では1800年に全焼した(『鳥府志』)為、これ以前の過去帳や寺の資料が焼失し、寺名の由来も定かではありません。
江戸時代初期の上記古地図には、「源忠寺」という名で記されています。あくまで想像のもとですが、玄忠寺を創建した僧侶の戒名・深心大忠大和尚の「忠」の字、また浄土宗開祖法然上人の僧名・源空の「源」の字を用いたのではないかと思われます。