ただし、過半数の広告主がコンテンツ連動型広告の利用に満足している一方、費用対効果に不満を持っているという結果も出ている。クリック数が多くても成約されないと、課金だけが積み重なってしまい、結果的に広告の費用対効果は下がることになる。
また、コンテンツ連動型広告を掲載しているメディアはクリック数さえ多ければ儲かるが、広告主はあくまでクリックされた後に成約がなければビジネスにならない。広告主にとっては費用対効果を下げる要因になる「無駄クリック」が、メディアにとっては収益源になってしまう。ここに両者の利害が一致していないという問題も発生する。