その歴史はきわめて古く、そのままスコットランドの牧羊犬の歴史に匹敵するもので、同じくスコットランド地方の牧羊犬であるラフ・コリーやボーダー・コリーとその起源を共有すると考えられている。気候条件が厳しく、荒涼としたシェトランド諸島は、牧草地として有効な土地が限られており、飼料が不足する環境では家畜が小型化するのは必然であった。その結果、羊は、スコットランド産の半分の大きさとなっている。シェットランド・シープドッグも環境に適応して小型化したか、あるいは小型の家畜に対応して小型化したと考えられている。人口が少なく放牧地と農耕地を隔てる柵が少なかったこの島では、家畜の動きを管理する熟練の牧畜犬の存在が不可欠であった。管理していた家畜は、羊だけでなく、牛、豚、ニワトリなど多岐にわたり、万能犬として重宝されていた。一説によれば、スコットランドのボーダー・コリーと同じ祖先を持つ犬のうち小型のものがこの土地に適応し、この地がヴァイキングの支配下にあった時代に、彼らがスカンジナビア地方から持ち込んだサモエドなどのスピッツ系の血が配合されたものが原型であるとされる。19世紀の終わり頃、イギリス海軍の艦隊が演習のためにこの島を訪れるようになると、これらの子犬が盛んにイギリス本土に持ち込まれるようになった。この犬がイギリスに紹介された時には、スパニエルの影響を感じさせる犬であり、これにラフ・コリーなどを交配させながら大型化しないように作出されたものが現在のシェットランド・シープドッグである。また、キング・チャールズ・スパニエルやポメラニアンの血が入っているとも考えられている。当初はシェットランド・コリーという名称が一般化し、1909年にイギリスのケネルクラブがこの名称で公認するが、コリーのブリーダー団体からの抗議を受け、数年後に現在の名称に変更された。その名に反して、現在では牧羊犬としては非主流となっており、その性質からもっぱら家庭犬として、世界中で愛好されている。