Ym mlwyddyn academaidd 2015/16 dim ond 2% o bobl o gefndir ethnig lleiafrifol wnaeth ddechrau cwrs ymarfer dysgu, yn ôl adroddiad swyddogol.
Roedd hyn o'i gymharu gyda 1,200 o bobl oedd yn disgrifio eu hunain o dras gwyn.
Dywedodd Llywodraeth Cymru ei bod wedi ymrwymo i sicrhau bod athrawon yn cynrychioli eu cymunedau ac yn annog pobl o gefndiroedd amrywiol i ystyried bod yn athrawon.
Dywedodd Race Council Cymru bod hiliaeth a phrofiadau drwg mewn ysgolion wedi atal pobl rhag gwneud cais i fod yn athrawon.
Mae 4.1% o bobl Cymru o gefndiroedd ethnig lleiafrifol, yn ôl y ffigyrau swyddogol diweddara'.
Yn ôl prif weithredwr Race Council Cymru, Uzo Iwobi, mae'r raddfa isel yn "bryderus" ac mae angen gweithredu.
"Rydym wedi bod yn annog pobl i ymwneud â'r byd addysg oherwydd rydym yn credu bod hiliaeth a diffyg goddefiant yn dod o ddiffyg datguddiad at bobl sydd mewn awdurdod neu rywun sy'n cyflwyno gwybodaeth", meddai Ms Iwobi.
"Rydym angen mentoriaid sy'n ymwybodol o amrywiaeth ac sy'n deall sut i weithio gyda phobl o gefndiroedd ethnig lleiafrifol."
Ychwanegodd Ms Iwobi bod rhai athrawon dan hyfforddiant neu gymorthyddion dosbarth wedi rhoi'r gorau i ddysgu, neu wedi cymryd seibiant oherwydd "profiadau trawmatig".
"Mae rhai yn gofyn, pam bod hyn yn digwydd i mi a pham na ydw i'n derbyn y gefnogaeth dwi'n ei haeddu?"
Dywedodd Ms Iwobi bod y person dan sylw wedi cymryd seibiant o'r ysgol yn ne ddwyrain Cymru gyda'r bwriad o gwblhau ei hyfforddiant rhywle arall.
Mae hi hefyd wedi clywed gan athrawon ifanc yn Abertawe sydd wedi dioddef anffafriaeth.
"Maen nhw'n dweud 'dwi ddim yn credu fy mod eisiau mynd yn ôl, mae'r ffordd wael cefais fy nhrin wedi effeithio arna i, roeddwn yn crio yn mynd 'nôl i'r ysgol i ddelio gyda'r unigolion oedd fod i fy nghefnogi yn y lle cyntaf'."
Yn ôl Ms Iwobi os fydd pobl o gefndiroedd ethnig lleiafrifol yn rhoi'r gorau i fod yn athrawon, bydd yn "effeithio ar gyrhaeddiad addysg, yn enwedig plant o gefndiroedd ethnig lleiafrifol sy'n edrych am berson sy'n esiampl dda" iddyn nhw.
"Betty Campbell oedd y Brifathrawes gyntaf yng Nghymru o gefndir ethnig lleiafrifol ac mae hi'n parhau'r unig un, does neb arall wedi cymryd y teitl oddi arni yn yr 21ain ganrif."
Dywedodd Llywodraeth Cymru ei bod wedi ymrwymo i sicrhau bod athrawon yn cynrychioli eu cymunedau, ac yn annog pobl o bob cefndir i ystyried dysgu fel gyrfa.
Ychwanegodd y llefarydd bod gweinidogion yn ystyried y "ffordd fwyaf effeithiol i farchnata dysgu fel gyrfa fel y gall y proffesiwn adlewyrchu'r bobl y maen nhw'n eu gwasanaethu".
Mae Reena Patel, yn ddirprwy dros dro mewn ysgol gynradd yn Y Tyllgoed. Dywedodd bod ei phrofiadau hi wedi bod yn gadarnhaol ond ychwanegodd bod yn rhaid i blant weld pobl o gefndir ethnig lleiafrifol mewn safleoedd o awdurdod.
"Dwin meddwl nad ydi pobl o gefndir ethnig yn teimlo eu bod yn cael eu cynrychioli mewn swyddi uwch a felly dy'n nhw ddim yn mynd i'r cyfeiriad hwnnw."
Fe wnaeth llai na 30 o bobl o gefndir ethnig lleiafrifol ddechrau cwrs ymarfer dysgu'r llynedd, yn ôl ffigyrau Llywodraeth Cymru.