Mae'r cynllun gafodd ei gyhoeddi ddydd Mawrth yn cyflwyno "ymagwedd fwy rhanbarthol" i ddelio gyda'r clefyd, gan sefydlu ardaloedd TB isel, canolradd ac uchel ar sail lefel achosion.
Cafodd cynlluniau drafft eu cyhoeddi 'nôl ym mis Hydref ac fe ddaw'r cyhoeddiad yma yn dilyn ymgynghoriad gyda'r cyhoedd.
Er i undebau groesawu bod y llywodraeth wedi gwrando ar bryderon o fewn y diwydiant, maen nhw'n awyddus i weld mwy yn cael ei wneud i fynd i'r afael â'r clefyd mewn moch daear.
Cafodd ffermwyr eu holi a fydden nhw'n ffafrio nodi ble yng Nghymru mae'r risg o TB yn lledu yn isel, cymhedrol ac uchel.
Fe fydd ffermydd yn y rhanbarthau risg uchel - Sir Benfro, Sir Gaerfyrddin ac ar hyd y ffin â Lloegr - yn wynebu mwy o reolau a chyfyngiadau o ran prynu, gwerthu a symud gwartheg.
Mae'r mesurau'n cynnwys cyflwyno profion ar ôl symud yn yr ardaloedd TB isel o 1 Hydref 2017.
Mae'r cyhoeddiad yma'n un cymhleth ac yn llawn manylder. A hynny am fod mynd i'r afael â'r diciâu yn bell o fod yn hawdd.
Mae'n broblem sydd wedi herio sawl llywodraeth a gweinidog ers degawdau. Mae'n pwyso'n drwm ar y pwrs cyhoeddus hefyd - fe wariodd Llywodraeth Cymru dros £26m ar daclo TB yn 2015/16.
Daeth 10-15% o'r arian hwnnw o'r Undeb Ewropeaidd ac mae'r ansicrwydd yn sgil Brexit yn golygu bod angen gwneud arbedion, yn ôl Llywodraeth Cymru.
Bydd yr uchafswm sy'n cael ei dalu fel iawndal i ffermwr am golli buwch yn gostwng o £15,000 i £5,000 dan y cynlluniau newydd.
Y gobaith yw y bydd y mesurau llymach i geisio atal y clefyd rhag lledu yn arwain at lai o ddifa gwartheg, a llai o gostau wrth reswm.
Mae'r ysgrifennydd wedi addo pennu dyddiad fel targed i anelu tuag ato o ran gwaredu gwartheg y wlad o TB yn llwyr.
Yn ôl yr undebau amaeth mae angen y math yna o uchelgais.
Eu pryder mwya' nhw yw y bydd problemau dybryd Cymru â'r diciâu yn peryglu cytundebau masnach i allforio cig i weddill y byd ar ôl i Brydain adael yr Undeb Ewropeaidd.
Mae'r undebau amaeth yn dadlau bod y rhwystrau sydd yn eu lle yn barod ar ffermydd Cymru ymysg y llymaf yn y byd. Maen nhw'n awyddus i weld mwy yn cael ei wneud i fynd i'r afael â'r clefyd mewn moch daear.
Dywedodd Ysgrifennydd yr Amgylchedd, Lesley Griffiths: "Dwi wedi gwrando ar ymatebion y diwydiant i'n hymgynghoriad a dwi wedi cynnwys beth oedd yn briodol ac yn rhesymol yn y Rhaglen.
"Ni ddylid ystyried hyn yn gynllun y llywodraeth yn unig; mae wedi'i ddatblygu ar ôl ymgynghori â'r diwydiant a chaiff ei adolygu dros amser."
Un fferm sydd wedi cael ei heffeithio gan reolau diciâu yw Fferm Penlan ger Maenclochog yn Sir Benfro.
Mae'r ffermwr yno, Andrew Griffiths, wedi colli 100 o wartheg o ganlyniad i'r rheolau ar ddifa.
"'So nhw 'di ffeindio dim TB ar y gwartheg o gwbl - 'so hynny'n ein helpu ni, lladd gwartheg glân a gwartheg magu," meddai wrth Y Post Cyntaf.
"Ni wedi gwethio'n galed i gael gwartheg fel rhain, ac maen nhw jyst yn mynd â nhw off fel 'na."
Dywedodd tad Andrew, Goronwy, bod angen mynd i'r afael â'r moch daear sydd yn gallu lledu'r clefyd - a nid difa gwartheg yn unig.
"Mae pob un yn cyfadde' bod nhw [moch daear] yn cario'r TB", meddai.
"Os nad ydyn nhw'n taclo'r job o'r ddwy ochr, mae'n pointless i ladd da. [Mae] ffermwyr yn dod yn glir a mewn chwe mis mae'n nhw nôl yn ei chanol hi.
"Mae'n rhaid iddyn nhw daclo'r job o'r ddwy ongl, maen nhw'n gwneud hynny mewn gwledydd eraill ac mae wedi bod yn success... Pam na allen nhw wneud hynny yng Nghymru?"
Hyd at fis Mawrth 2017 cafodd bron i 10,000 o wartheg eu difa yng Nghymru, sy'n gynnydd o bron i 15% o'i gymharu â'r flwyddyn flaenorol.
Mae nifer y gwartheg sy'n cael eu difa, yn enwedig yn y gorllewin, o ganlyniad wedi cynyddu yn sylweddol yn ystod y blynyddoedd diwethaf.
Dywedodd Llywodraeth Cymru fod hyn yn rhannol oherwydd ei ymdrechion i fynd i'r afael a'r clefyd unwaith ac am byth.
Mae'r ffigyrau diweddara' ar gyfer TB mewn gwartheg ar eu hisaf ers 10 mlynedd, gyda dros 95% o yrroedd nawr yn rhydd o'r haint.
Y llynedd, fe wariodd Llywodraeth Cymru dros £26m ar fesurau i fynd i'r afael â'r diciâu.
Hyd yn hyn mae Ms Griffiths wedi gwrthod cyflwyno cynllun i ddifa moch daear.
Ond dywedodd bod Llywodraeth Cymru yn ystyried caniatáu i foch daear gael eu dal, eu profi - ac os ydyn nhw wedi'u heintio - eu lladd mewn modd dyngarol ar ffermydd sydd â phroblemau hir dymor â'r diciâu.
Bydd ffermydd mewn rhannau o Gymru sydd wedi'u heffeithio'n wael gan y diciâu - neu TB - mewn gwartheg yn wynebu rheolau llymach.