শুধুমাত্র অন্যান্য গির্জার প্রতি তার নীতির কারণেই জন পল ২য় সংস্কার প্রচার ও প্রতিক্রিয়া দেখানোর দোষে অভিযুক্ত হয়েছেন তা নয়।
জন পল ২য়-র বিরুদ্ধে অভিযোগ করা হয়েছে যে, তিনি যা প্রচার করেন, তা তিনি কাজে লাগান না।