যদিও জেন ১২ শতাব্দী থেকে জাপানে উপস্থিত ছিলেন, এর উত্থান কামাকুরা শাসনামলে শুরু হয়েছিল, যা রহস্যময় চীনা দর্শনকে জাপানি সংবেদনশীলতা, প্রভাববাদ এবং ফর্ম ও আচার-অনুষ্ঠানের ভালবাসার সাথে প্রশংসাযোগ্যভাবে খাপ খাইয়ে নিয়েছিল।
যদিও জেন জাপানে উপস্থিত ছিলেন, কামাকুরা শাসনের আগে এটি দেশের প্রধান ধর্ম হয়ে ওঠেনি।