মরগান তার কাজ শেষ হওয়ার আগেই ১৫৮৮ সালে মারা যান, কিন্তু ১৬৯২ সালে জ্যামাইকার একটি শক্তিশালী ভূমিকম্প প্রকৃতিকে শেষ করে দেয়, এবং পোর্ট রয়্যাল সমুদ্রে ডুবে যায়, তার সাথে স্প্যানিশদের কাছ থেকে চুরি করা অনেক সম্পদ নিয়ে যায়।
কাজ শেষ করার আগেই তিনি মারা যান।