খ্রিস্টধর্মে তার কেন্দ্রীয় কর্তৃত্বের প্রতি হুমকি দেখে, হিদেয়োশি ১৫৯৭ সালে সুপরিকল্পিতভাবে খ্রিস্টান কার্যকলাপকে দমন করেছিলেন-নাগাসাকিতে ছয়জন মিশনারি এবং ২০ জন জাপানি ধর্মান্তরিত ব্যক্তিকে ক্রুশবিদ্ধ করা হয়েছিল।
হিদেয়োশি তার কর্তৃত্ব বজায় রাখার জন্য খ্রিস্টধর্মকে এক সমস্যা হিসেবে দেখেছিলেন আর এভাবে তাদেরকে মৃত্যুদণ্ড দিয়ে দমন করা হয়েছিল।