প্রকৃতপক্ষে, শহরটির স্বতন্ত্র ভৌগলিক অবস্থানের কারণে এর বেশিরভাগ পুরানো এলাকা ১৯৪৫ সালের ৯ আগস্ট জাপানের উপর দ্বিতীয় পারমাণবিক বোমা নিক্ষেপের ফলে সৃষ্ট ভয়াবহ ধ্বংসযজ্ঞের হাত থেকে বেঁচে যায়, যদিও এর তিন দিন আগে হিরোসেমার উপর যে বোমা নিক্ষেপ করা হয়েছিল তার চেয়ে নাগাসাকি বোমা বেশি শক্তিশালী ছিল।
বেশিরভাগ পুরানো এলাকা পারমাণবিক বোমা বিস্ফোরণে বেঁচে যায়।