মিনামোতো ১১৯৯ সালে মারা যান এবং সামন্ততান্ত্রিক কাঠামো তার বিধবার পরিবার, হোজো, এর তত্ত্বাবধানে চলে যায়, যারা সম্রাটের সাথে ফুজিওয়ারা যেভাবে করেছিলেন ঠিক সেভাবেই একজন ফিগারহেড শোগুনের অধীনে কাজ করে সন্তুষ্ট ছিল।
১১৯৯ সালে অসুস্থতার কারণে মিনামোতো মারা যান।