যদিও জেন ১২ শতাব্দী থেকে জাপানে উপস্থিত ছিলেন, এর উত্থান কামাকুরা শাসনামলে শুরু হয়েছিল, যা রহস্যময় চীনা দর্শনকে জাপানি সংবেদনশীলতা, প্রভাববাদ এবং ফর্ম ও আচার-অনুষ্ঠানের ভালবাসার সাথে প্রশংসাযোগ্যভাবে খাপ খাইয়ে নিয়েছিল।
যদিও জেন প্রথম দিকে জাপানে উপস্থিত ছিলেন, তবে যারা এটি অনুশীলন করেছিল তাদের ধ্বংস করতে চাইছিল এমন বৌদ্ধদের দ্বারা এটি দ্রুত নির্মূল করা হয়েছিল।