সান জুয়ান নতুন বিশ্বের ক্যাথলিক চার্চের সুসমাচার প্রচারের কেন্দ্রও হয়ে ওঠে-এই প্রচেষ্টায় সহায়তা করার জন্য দ্বীপ জুড়ে অসংখ্য গির্জা, মঠ এবং মঠগুলি প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল।
পুয়ের্তো রিকোর সান জুয়ানে ক্যাথলিক চার্চের একটি উপস্থিতি রয়েছে।