প্রায় ১৫০০ খ্রিস্টপূর্বাব্দ পর্যন্ত সান্তোরিনি সাইক্লোডের অন্যান্য অনেক দ্বীপের মতো দেখতে ছিল, যখন এর আগ্নেয়গিরির একটি বিশাল অগ্ন্যুৎপাত দ্বীপের পুরো অভ্যন্তরকে বায়ুমন্ডলে নিয়ে গিয়েছিল, যা পরবর্তী বছরগুলিতে পৃথিবীর জলবায়ুকে পরিবর্তন করেছিল।
সান্তোরিনি সব সময় অন্য সব দ্বীপের মত দেখতে, পর্বতটি একটি আগ্নেয়গিরি কিন্তু এটি সক্রিয় নয়।