পাশ্চাত্য বাণিজ্যের কেন্দ্র হওয়া ছাড়াও, নাগাসাকি টোকুগাওয়া শোগুনদের অধীনে ২৫০ বছরের নৃশংস দমন-পীড়নের পর আজ ক্যাথলিক গির্জার জন্য জাপানে এক দৃঢ় ভিত্তি প্রদান করেছে।
নাগাসাকি এমন এক স্থানে পরিণত হয়েছিল, যেখানে পাশ্চাত্য বাণিজ্য নিষিদ্ধ ছিল।