পাশ্চাত্য বাণিজ্যের কেন্দ্র হওয়া ছাড়াও, নাগাসাকি টোকুগাওয়া শোগুনদের অধীনে ২৫০ বছরের নৃশংস দমন-পীড়নের পর আজ ক্যাথলিক গির্জার জন্য জাপানে এক দৃঢ় ভিত্তি প্রদান করেছে।
নাগাসাকির অধিকাংশ স্থানীয় অধিবাসী ক্যাথলিক ধর্মে ধর্মান্তরিত হয়।