ষোড়শ শতাব্দীর স্পেনের মানচিত্র প্রস্তুতকারকরা ভুলবশত নামগুলো গুলিয়ে ফেলেছিল, যার ফলে শেষ পর্যন্ত বন্দরটি সান জুয়ান হয়ে যায় এবং পুরো দ্বীপটিকে একবার মানচিত্রে সমৃদ্ধ বন্দর বলা হত।
দ্বীপটি মূলত পুয়ের্তো রিকো নামে পরিচিত ছিল, কিন্তু ১৯৬৩ সালে এর নামকরণ করা হয় সান জুয়ান।