নাইকু (অভ্যন্তরীণ মন্দির) দুটি মন্দিরের মধ্যে বেশি গুরুত্বপূর্ণ, কারণ এটি সূর্যদেবী এবং শিন্টোর সর্বোচ্চ দেবতা আমাতেরাসুকে উত্সর্গীকৃত।
মন্দিরের ক্ষেত্রে নাইকু গুরুত্বপূর্ণ নয় এবং এটি কোন দেবতার প্রতি উৎসর্গীকৃত নয়।