উপরন্তু, সিস্টেম অ্যাডমিনস্ট্রেটররা নিরাপত্তা অনুপ্রবেশের বিরুদ্ধে প্রতিরক্ষার প্রথম লাইন এবং সাধারণত অস্বাভাবিক ক্রিয়াকলাপ লক্ষ্য করার জন্য সর্বোত্তম অবস্থানে থাকে যা অনুপ্রবেশ বা অন্যান্য নিরাপত্তা ঘটনাকে নির্দেশ করতে পারে।
সিস্টেম অ্যাডমিনিস্ট্রেটর কম্পিউটারকে ভাইরাস থেকে রক্ষা করতে সাহায্য করে।