খ্রিস্টধর্মে তার কেন্দ্রীয় কর্তৃত্বের প্রতি হুমকি দেখে, হিদেয়োশি ১৫৯৭ সালে সুপরিকল্পিতভাবে খ্রিস্টান কার্যকলাপকে দমন করেছিলেন-নাগাসাকিতে ছয়জন মিশনারি এবং ২০ জন জাপানি ধর্মান্তরিত ব্যক্তিকে ক্রুশবিদ্ধ করা হয়েছিল।
হিদেয়োশি উদ্যমের সঙ্গে খ্রিস্টধর্ম গ্রহণ করেছিলেন এবং এটাকে তার ক্ষমতাকে শক্তিশালী করার এক উপায় হিসেবে দেখেছিলেন।