১৫৩৮ খ্রিস্টাব্দে মহান নাবিকের দেহাবশেষ পর্তুগালে ফিরিয়ে আনা হয়, কিন্তু তার সমাধিপ্রস্তর এখনও গির্জার দক্ষিণ দিকে দেখা যায়, মেঝেতে পিতলের রেল দিয়ে স্থাপন করা হয়।
তাঁর দেহ এই মন্দিরের কাছেই রয়েছে।