১৫৬১ সালে ১৮ বছর বয়সী মেরি স্কটল্যান্ডে ফিরে আসেন, যখন প্রটেস্টান্ট নেতারা স্কটিশ পার্লামেন্টের নিয়ন্ত্রণ নিয়ে নেয় এবং পোপের কর্তৃত্বকে বিলুপ্ত করে দেয়।
১৫৬১ সালের মে মাসে মেরি স্কটল্যান্ডে ফিরে আসেন।