কিন্তু তার দ্বিতীয় মেয়াদটি আঞ্চলিক অস্থিরতার সমস্যাগুলির সাথে জড়িত ছিল, বিশেষত দেশের উত্তর-পূর্ব অঞ্চলে আসামে, যেখানে স্থানীয় গণহত্যা ৩, ০০০ লোকের মৃত্যু ঘটিয়েছিল এবং পাঞ্জাবে, যেখানে শিখ জঙ্গিরা বৃহত্তর স্বায়ত্তশাসন এবং এমনকি স্বাধীনতার জন্য সহিংস বিক্ষোভ করেছিল।
তার দ্বিতীয় মেয়াদটি বিভিন্ন সমস্যার দ্বারা জর্জরিত ছিল, গণহত্যা থেকে শুরু করে সহিংস বিক্ষোভ পর্যন্ত।