প্রাগৈতিহাসিক জোমন এবং ইয়ায়োই যুগের জাপানি শিল্প ও প্রত্নতত্ত্বের প্রতি উৎসর্গীকৃত চারটি ভবনের একটি কমপ্লেক্স টোকিও জাতীয় যাদুঘর থেকে কোন দর্শনার্থীর বাদ পড়া উচিত নয়।
টোকিও জাতীয় জাদুঘরে প্রাগৈতিহাসিক জোমন এবং ইয়ায়োই যুগের শিল্প ও প্রত্নতত্ত্ব রয়েছে।