জলবায়ুর সাথে সঙ্গতিপূর্ণভাবে হোক্কাইডোর তুষারময় উত্তর প্রান্ত থেকে দক্ষিণ কিউশু এবং ওকিনাওয়ার উপ-গ্রীষ্মমন্ডলীয় অঞ্চলে এর জনপ্রিয় প্রবাল প্রাচীর পর্যন্ত পরিবর্তিত হয়।
প্রবাল প্রাচীরগুলি হোক্কাইডোর শীর্ষে পাওয়া যায়।