পাশ্চাত্য বাণিজ্যের কেন্দ্র হওয়া ছাড়াও, নাগাসাকি টোকুগাওয়া শোগুনদের অধীনে ২৫০ বছরের নৃশংস দমন-পীড়নের পর আজ ক্যাথলিক গির্জার জন্য জাপানে এক দৃঢ় ভিত্তি প্রদান করেছে।
নাগাসাকি উভয়ই পাশ্চাত্য বাণিজ্যের কেন্দ্র-ক্যাথলিক গির্জার পাদদেশ-হিসেবে কাজ করেছিল।