বর্ধিত অঞ্চলটিকে আলিঙ্গন করার জন্য, ফেডারেশন ১৯৬৩ সালের সেপ্টেম্বরে মালয়েশিয়ার নতুন নাম গ্রহণ করে, কিন্তু শীঘ্রই সিঙ্গাপুর মালয়ের সুবিধাগুলি নিয়ে কুয়ালালামপুরের সাথে সংঘর্ষে লিপ্ত হয়, যা সিঙ্গাপুর তার বহুজাতিক নীতি দিয়ে ভেঙে ফেলার চেষ্টা করেছিল।
অবশেষে সিঙ্গাপুর মালয়েশিয়ার সার্বভৌমত্ব মেনে নিতে শিখেছে।