খ্রিস্টধর্মে তার কেন্দ্রীয় কর্তৃত্বের প্রতি হুমকি দেখে, হিদেয়োশি ১৫৯৭ সালে সুপরিকল্পিতভাবে খ্রিস্টান কার্যকলাপকে দমন করেছিলেন-নাগাসাকিতে ছয়জন মিশনারি এবং ২০ জন জাপানি ধর্মান্তরিত ব্যক্তিকে ক্রুশবিদ্ধ করা হয়েছিল।
১৫৯৭ সালের পর আরও অনেক খ্রিস্টানকে মৃত্যুদণ্ড দেওয়া হয়েছিল।