Adam Jensen est donc le chef de la sécurité chez Sarif Industries et s’est fait « augmenter » après un accident grave. Megan Reed, scientifique à la tête des augmentations cybernétiques et ex-petite amie d’Adam, se fait kidnapper par les Illuminatis qui lui demandent d’activer un appareil mystérieux. Adam se met à la recherche de Megan et après l’avoir localisée, se frotte à quelques petits imprévus….