+ São Martinho (San Martín). Primer navío de escuadra, al mando del Duque de Medina Sidonia, 48 cañones
+ São João (San Juan). Segundo navío de escuadra, 50 cañones.
+ São Marcos (San Marcos). Al mando de López de Mendoza, encalló el 10 de septiembre cerca de las costas irlandesas. 33 cañones.
+ São Filipe (San Felipe). Al mando de Francisco de Toledo, abandonado el 8 de agosto entre Nieuwpoort y Ostende, capturado el 9 de agosto por una patrulla de las Provincias Unidas. 40 cañones
+ São Luís (San Luis). Al mando de Agustín Mexía. 38 cañones.
+ São Mateus (San Mateo). Al mando de Diego Pimentel, encalló el 8 de agosto entre Nieuwpoort y Ostende, capturado el 9 de agosto por una patrulla de las Provincias Unidas. 34 cañones.
+ Santiago (Santiago). 24 cañones
+ San Francesco (San Francisco). Al mando de Niccolo Bartoli, galeón florentino incluido en la escuadra portuguesa. 52 cañones.
+ São Cristóvão (San Cristóbal). 20 cañones.
+ São Bernardo (San Bernardo). 21 cañones.
+ Augusta (Augusta). 13 cañones.
+ Júlia (Julia). 14 cañones.
ESCUADRA CASTELLANA
+ San Cristóbal. Primer navío de escuadra, al mando de Diego Flores de Valdés. 36 cañones.
+ San Juan Bautista. Segundo navío de escuadra. 24 cañones
+ San Pedro. 24 cañones.
+ San Juan. 24 cañones.
+ Santiago el Mayor. 24 cañones.
+ San Felipe y Santiago. 24 cañones.
+ La Asunción. 24 cañones.
+ Nuestra Señora del Barrio. 24 cañones.
+ San Linda y Celedón 24 cañones
+ Santa Ana. 24 cañones.
+ Nuestra Señora de Begoña. 24 cañones.
+ La Trinidad Bogitar. 24 cañones.
+ Santa Catalina. 24 cañones.
+ San Juan Bautista. 24 cañones.
+ Nuestra Señora del Rosario. 24 cañones.
+ San Antonio de Papua. 12 cañones.
ESCUADRA DE VIZCAYA
+ Santa Ana. Navío insignia de la escuadra, al mando de Juan Martínez de Recalde y Alejandro Gómez de Segura. 30 cañones.
+ El Gran Grin. Segundo navío de escuadra, encallado el 24 de septiembre cerca de Clare Island. 28 cañones.
+ Santiago. 25 cañones.
+ La Concepción de Zubelzu. 16 cañones.
+ La Concepción de Juan del Cano. 18 cañones.
+ La Magdalena. 18 cañones.
+ San Juan. 21 cañones.
+ La María Juan. Hundido el 8 de agosto al norte de Gravelinas. 24 cañones.
+ La Manuela. 12 cañones.
+ Santa María de Montemayor. 18 cañones.
+ María de Aguirre. 6 cañones.
+ Isabela. 10 cañones.
+ Patache de Miguel de Suso. 6 cañones.
+ San Esteban. 6 cañones.
ESCUADRA DE GUIPÚZCOA
Mandada por Miguel de Oquendo, compuesta por 13 naves.
ESCUADRA ANDALUZA
Mandada por Pedro Valdés, compuesta por 10 naves.
ESCUADRA LEVANTINA O ITALIANA
Mandada por Martín de Bertendona, compuesta por 9 naves.
ESCUADRA DE HULKS
Mandada por Juan López de Medina, compuesta de 23 navíos menores.
GALERAS NAPOLITANAS
+ La Girona mandada por Hugo de Moncada.