El Centro Común de Investigación de la Comisión Europea ha desarrollado un nuevo método de detección específico para la variante Omicron. El método ha sido validado con éxito in silico, basado en la bioinformática. El CCI invita ahora a los laboratorios de control de todo el mundo a validarlo in vivo en muestras clínicas.
Tras la reciente aparición de una nueva variante preocupante del SARS-CoV-2, Omicron, en el sur de África, y con los primeros casos notificados en la Unión Europea y en el Reino Unido, el rastreo del virus y el seguimiento de su propagación son fundamentales para desplegar contramedidas eficaces.
La variante Omicron difiere significativamente de otras variantes en el sentido de que Omicron se caracteriza por más de 50 cambios en el ácido nucleico con respecto a la secuencia de referencia del SARS-CoV-2, lo que podría dificultar la detección del virus. Ha surgido la preocupación de que la nueva variante podría ser incluso más transmisible que la Delta.
Por ello, el CCI ha desarrollado rápidamente un nuevo método de detección específico para la variante Omicron. El método se basa en la técnica RT-qPCR, ampliamente utilizada, y detecta con éxito la variante Omicron in silico.
Es una prueba muy rápida y fácil de realizar, más rápida que la secuenciación y otros métodos ahora disponibles. La RT-PCR es sencilla de configurar en cualquier laboratorio de biotecnología que pueda realizar ensayos de PCR.
Las pruebas de predicción bioinformática demuestran que las secuencias de los conjuntos de cebadores son muy precisas y no coinciden con las secuencias genéticas de otros virus, incluidos otros coronavirus o variantes del SARS-CoV- 2. El CCI ha compartido directamente este nuevo método con los responsables políticos de la UE y con la comunidad científica para ayudar a acelerar el control de la propagación de la variante Omicron a nivel mundial, en lo que es esencialmente una carrera contra el tiempo.
El CCI invita ahora a los laboratorios de control de todo el mundo a que lo evalúen in vivo en muestras clínicas y a que comuniquen los resultados a los autores con el fin de mejorar la prueba si es necesario.
Metodología
La mayoría de los cambios que caracterizan la variante Omicron se encuentran en el gen que codifica la glicoproteína Spike. La proteína Spike es una estructura clave que facilita la entrada del virus en las células humanas. También es el objetivo de las vacunas basadas en ARNm y vectores virales.
Al inspeccionar las regiones que codifican la proteína Spike de todas las secuencias completas de Omicron, los científicos del CCI identificaron una región objetivo con un grupo de secuencias de ácidos nucleicos único y específico de Omicron.
Sólo se retuvieron las mutaciones presentes en al menos el 80% de las secuencias analizadas para definir un conjunto de mutaciones comúnmente compartidas. A partir de esta región, los científicos del CCI diseñaron un conjunto de cebadores específicos para la variante que se utilizará como método de detección de Omicron por reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-qPCR), denominado OmMet.