La realización de los estudios autópsicos sólo podrá llevarse a caboprevia constancia y comprobación de la muerte (lógicamente, o sería una vivisección) y siempre que no intervenga la autoridad judicial.
En este caso, estaríamos hablando de las autopsias judiciales que se realizan cuando el juez instruye un sumario por causa de muerte violenta o sospechosa de criminalidad (Art. 340 Ley de Enjuiciamiento Criminal), antes de proceder al enterramiento del cadáver o inmediatamente después de su exhumación. La legislación establece que aun cuando por la inspección exterior pueda presumirse la causa de la muerte, se procederá a la autopsia del cadáver por los Médicos forenses, o en su caso por los que el Juez designe, los cuales, después de describir exactamente dicha operación, informarán sobre el origen del fallecimiento y sus circunstancias (Art. 343 LECr). Con esta autopsia se trata de averiguar las causas de la muerte y si el fallecimiento fue provocado por alguna conducta que tenga consecuencias penales (etiología criminal).
Como ese concepto de la muerte sospechosa de criminalidad resulta muy impreciso y deja un amplio margen de apreciación en manos del juez instructor, el 2 de febrero de 1999, el Comité de Ministros del Consejo de Europa aprobó la Recomendación R (99) 3 para la armonización de las reglas de las autopsias médico-legales; estableciendo que se debe practicar la autopsia en todas las muertes no naturales, obvias o sospechosas, también cuando exista demora entre el hecho causal y la muerte, particularmente en los siguientes diez casos: 1) Homicidio o sospecha de homicidio. 2) Muerte súbita inesperada, incluyendo el síndrome de muerte súbita del lactante. 3) Violación de derechos humanos, como es la sospecha de tortura o cualquier forma de maltrato. 4) Suicidio o sospecha de suicidio. 5) Sospecha de mala praxis médica. 6) Accidentes de circulación, laborales o domésticos. 7) Enfermedad y riesgos laborales. 8) Desastres tecnológicos y naturales. 9) Muertes durante detenciones o en actividades policiales o militares; y 10) Cuerpos no identificados o restos óseos.