Grecia y las islas del Egeo estuvieron inicialmente sujetas al imperio de Creta antes de obtener la independencia a mediados del segundo milenio a.e.c. Esta civilización, centrada en el Peloponeso griego, era desconocida hasta su descubrimiento por Heinrich Schliemann en el siglo XIX. Schliemann ya había descubierto la antigua Troya en el noroeste de Turquía. Afirmó haber descubierto la patria del rey Príamo y el príncipe Héctor de Troya y los reinos de Menelao y Agamenón, hermanos y reyes de Esparta y Micenas y Argos. Schliemann se refirió a las culturas de la Edad del Bronce del Egeo y Grecia como la civilización micénica, mientras que actualmente se prefiere el término periodo heládico.
Los micénicos eran similares a los minoicos en su sofisticación en distintas técnicas, desde la metalurgia a la construcción de barcos, y estaban muy avanzados en el comercio y en las cuestiones militares, incluida la construcción de fortalezas. Poseían una forma de escritura, quizás derivada de la civilización minoica, la Lineal B. Los reyes y los aristócratas gobernaban, y la mayor parte de la población eran agricultores y pastores, si bien existía una clase media de artesanos, escribas, médicos y comerciantes.
La civilización micénica era patriarcal, como se refleja en sus deidades, dominada por el dios masculino Zeus. La gente de Grecia, como la de Creta, trató de explicar el funcionamiento de la naturaleza, pero no pasó de imaginar fuerzas sobrenaturales trabajando de forma invisible tras la inmensidad del cielo, en las profundidades del mar o en el interior de la tierra, produciendo rayos, proporcionando la fertilidad del suelo y de los humanos, jugando con las emociones humanas e interviniendo en la enfermedad y la muerte. Los dioses griegos, que gobernaban desde el Monte Olimpo, personificaban las fuerzas de la naturaleza para estos pueblos de la Edad del Bronce.
A principios del siglo XII a.e.c. se produjo un hecho que alteraría para siempre las civilizaciones del Mediterráneo oriental. Invasores del norte de Europa con armas de hierro emigraron a los Balcanes y a Asia Menor y al sur a Palestina y Egipto. Eran nómadas y primitivos, analfabetos y violentos, pero habían encontrado el secreto de la fundición del hierro, lo que los hacía poco menos que imparables. Los griegos llamaron dorios a los invasores; destruyeron la civilización micénica y tomaron el control especialmente de Grecia occidental y del Peloponeso. Es incluso posible que tuviesen un papel en la caída de Troya.
Estos mismos invasores conquistaron el imperio hitita de Asia Menor, posiblemente fuesen los que amenazaron a los judíos de Palestina (los filisteos) y atacaron a los egipcios. Aunque fueron rechazados por Egipto, los egipcios estaban aterrorizados por esta gente del mar. En ocasiones, se hace referencia a estos invasores como los «pueblos del mar».
Los habitantes de las ciudades y pueblos micénicos huyeron ante el avance dórico, migrando hacia el este hasta las penínsulas extremas del continente, las islas del Egeo y la costa occidental de Turquía. Estos migrantes, posteriormente llamadas jonios, fundaron ciudades-estado jónicas: Atenas, Mileto, Quíos, Samos, Halicarnaso, Cos, Colofón o Éfeso son algunas de ellas.
Los jonios y dorios de los siglos posteriores siempre se consideraron diferentes. Tenían tradiciones e idiomas similares y adoraban dioses y diosas similares, pero el nivel y la sofisticación de sus respectivas culturas eran muy diferentes. Los dorios eran más militaristas y sus ciudades se centraban en la guerra y la defensa en lugar del arte, la poesía y la ciencia. Los jonios, por otro lado, se dedicaron al pensamiento, la cultura, la investigación de la naturaleza y la expresión de sus ideas. Con el tiempo, los jonios se convirtieron en los líderes de la ciencia griega durante las eras arcaica, clásica y helenística de Grecia. Las ciudades de Atenas, Mileto, Cos y Quíos se convirtieron en centros de filosofía y ciencia. Homero, Tales, Anaxágoras, Anaximandro, Hipócrates, Sócrates y Platón fueron representantes de los filósofos, científicos y médicos jonios.